金陵图书馆下设办公室、事业研究部、宣传营销部、活动服务部、系统技术部、采访编目部、特藏发展部、综合阅览部、电教拓展部、分馆建设部、图书借阅部、少儿工作部等12个部室。各部门职责如下：
1.办公室。负责全馆党务、人事、财务、资产、物业等考核和管理日常运行工作。
2.事业研究部。负责全馆整体业务规划、业务统计、馆员培训和科研管理，图书馆业界及学会协调对接，区馆业务指导，业内刊物编印等工作。
3.宣传营销部。负责面向读者层面的内外宣传平台管理开发及营销，图书馆整体形象宣传，活动统计及大型活动策划等工作。
4.活动服务部。负责策划组织金图讲坛、金图展览等阅读推广活动，志愿服务管理，会展场地管理等工作。
5.系统技术部。负责全馆网络和软硬件系统维护，数字资源验收运维，网借线上服务等工作。
6.采访编目部。负责全馆图书和视听资源采访编目审校，常规图书捐赠管理等工作。
7.特藏发展部。负责特藏文献管理及读者服务，参考咨询平台管理，地方文献和古籍等特色数字资源建设等工作。
8.综合阅览部。负责报刊及工具书等管理及读者服务，全馆报刊征订加工及图书流转库藏等工作。
9.电教拓展部。负责电子科普艺术、文都之窗及自修区等管理及读者服务，数字资源采购与推广等工作。
10.分馆建设部。负责办证处、视障阅览室等管理及读者服务，馆外流通体系的建设和维护等工作。
11.图书借阅部。负责成人图书借阅等管理及读者服务，本馆荐购图书和全市公共图书馆区域流通图书文献的借还管理等工作。
12.少儿工作部。负责少儿图书借阅等管理及读者服务，组织开展少儿阅读指导和活动推广等工作。
