金陵图书馆依托各种服务平台，通过网络主要面向南京市市民，同时向全国网络用户提供各种形式的参考咨询服务，包括投诉、建议、普通咨询、文献传递等。读者可以根据自身的需要选择有针对性的咨询服务。
全国图书馆联合参考咨询：依托全国各图书馆馆藏的海量电子资源，如电子图书，期刊论文 ，博硕士论文，会议论文，外文期刊论文，国家标准和行业标准，专利说明书，以及全国公共图书馆建立的规模庞大的地方文献数据库和特色资源库，为社会提供免费的专业的网上参考咨询和远程文献传递服务。
江苏省联合参考咨询：由江苏省各设区市公共图书馆为广大用户免费提供期刊论文、博硕论文、发明专利等文献传递服务。
南京市公共图书馆联合参考咨询：由金陵图书馆联合南京市十三家区图书馆为读者提供咨询服务，回复读者对南京市市、区各公共图书馆的咨询、建议和问题的答复。